Lost, les disparus raconte les aventures des passagers d'un avion de ligne reliant Sydney et Los Angeles, qui s'est écrasé pour des raisons inconnues sur une île de l'Océan pacifique. Livrés à eux-mêmes, les rescapés du vol 815 vont devoir apprendre à cohabiter et à collaborer pour survivre ensemble dans un environnement hostile.
L'intrigue de la série comporte de multiples trames :
- la trame principale, qui décrit la vie des rescapés sur l'île, leur lutte quotidienne pour survivre ou pour alerter d'improbables secours et les relations qui se nouent entre eux ;
- des trames secondaires, relatant le passé des personnages principaux, évoqué à l'occasion de flash-backs distillés au fil des épisodes, et donnant ainsi des éléments d'explication sur leur comportement ; - une trame fantastique, enfin, centrée sur l'île elle-même, à la fois paradisiaque et inquiétante, et tous les mystères qu'elle recèle.
À la fin de la deuxième saison, trois des rescapés du vol 815 - Jack, Kate et Sawyer - s'étaient fait capturer par les autres habitants de l'île, les Autres. Le mystérieux personnage qu'ils connaissaient sous le nom d'Henry Gale se révèle être leur chef, du moins en apparence. Peu à peu, les naufragés en apprennent davantage sur les Autres, leur passé et leurs buts. Les deux groupes semblent destinés à un affrontement frontal imminent et chacun doit choisir son camp. Mais l'île recèle d'autres habitants, qui vont encore ajouter à la confusion.
